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ProVerB二级质谱鉴定算法

简介:ProVerB是基于二项式分布概率模型的质谱鉴定算法,该算法理论碎片离子峰中考虑了化学键断裂位置前后氨基酸(配对氨基酸)对峰强度影响,应用统计模型考虑实验图谱与理论图谱的离子匹配情况,连续离子匹配情况和峰强度的匹配情况。由于该算法创新性考虑“配对氨基酸”对峰强度影响,而且在统计模型中加以考虑,使ProVerB的鉴定结果明显多于Mascot和Sequest:在FDR<=0.01时, ProVerB鉴定肽段的数量和有效图谱量均超过商业软件Mascot和Sequest。
http://bioinformatics.jnu.edu.cn/software/proverb/

Dispec二级质谱鉴定算法

简介:Dispec是基于PMD(肽段匹配区分度)图谱的解释性鉴定算法,Dis法在2013年国际著名杂志PLoS ONE上发表。 该算法提出PMD的概率:一个碎片离子如果至少匹配上肽段的理论碎片离子中的一个,既该碎片离子与该肽段匹配,肽段匹配区分度反映碎片离子匹配肽段的能力,碎片离子匹配肽段数量越少,其区分度值越大。PMD图谱对质谱图添加了一维信息,使Dispec的鉴定结果明显多于Mascot和Sequest:在FDR≤0.01时, D39数据集(图4b)和18个标准蛋白的数据集(图4c),ProVerB鉴定肽段的数量超过商业软件Mascot和Sequest。
http://bioinformatics.jnu.edu.cn/software/dispec/

FANSe二代测序比对算法

简介:FANSe是基于种子(Seed)的二代测序短序列比对,该算法2011年发表在际著名杂志NAR(IF=8.03)上发表。 该算法提出提出了一种新的机遇Seed索引和快速SW检测indel的方法,在测序错误>3%时,Boetie和BWA检测错误率有限,以致很多低丰度RNA不能被检测,FANSe突破了这一限制,在测序错误率在3~8%时,其检测结果比Bowtie和BWA要好很多,有较好检测低丰度mRNA的能力。
http://bioinformatics.jnu.edu.cn/software/fanse/

FANSe2快速二代测序比对算法

简介:FANSe2主要针对FANSe速度十分慢的问题,采用了Seed递减策略,在保持FANSe匹配准确度度高和容错能力强的优势下,大幅提高了其算法运行速度,大大增加了其实用性,该算法在2014年国际著名杂志Plos One上发表。 该算法速度是目前Bowtie2的四倍,其结果优于Bowtie2和BWA,特别适用于mRNA测序数据的分析,其正确性高于目前通用的比对软件。
http://bioinformatics.jnu.edu.cn/software/fanse2/

 

 

 
 
 
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