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团队在NAR杂志发表研究成果

实验室简介

21世纪的生命科学正在发生巨大的变化。我们现在可以用多种高通量技术对成千上万的基因,RNA 和蛋白质进行定量分析。我们的研究兴趣正是基于高通量生物技术产生的生命组学大数据,分析海量生物数据,预测关键调控节点,结合分子生物实验,探索基因调控和疾病发生发展的机理。

中山大学生物信息和基因调控实验室隶属于中山大学中山眼科中心及眼科学国家重点实验室,主要从事基于生物信息学,基因组学和蛋白质组学的系统生物学的研究。研究强调系统性和完整性,利用各种组学平台和计算分析方法探索人体组织的发育机理和疾病的致病机理。实验室拥有浮点运算10万亿次的高性能计算集群,用于大数据的分析。同时拥有高通量测序仪 (HiSeq2500及MiSeq) 及设备完善的分子生物学实验室。干湿结合的实验平台为开展交叉学科研究提供了有力地保障。


研究成员的教育背景涵盖生物信息学,计算机学,分子生物学及医学等领域。主持国家和省市级项目金额超过2000万元,在国际杂志Cell,Molecular Systems Biology, Nucleic Acids Research, Cell Reports, Bioinformatics等发表的多篇研究论文,并开发了多个二代及三代测序分析软件和蛋白质质谱鉴定软件。

 

研究方向

基因表达转录及翻译调控

  • Global and cell-type specific properties of lincRNAs with ribosome occupancy,Nucleic Acids Research,2017,10.1093.gkw909
  • Ribosome Profiling Reveals Translational Upregulation of Cellular Oxidative Phosphorylation mRNAs During Vaccinia Virus-induced Host Shutoff,Journal of Virology, 2016 Dec 21
  • Dynamic landscape of alternative polyadenylation during retinal development,Cellular Molecular Life Science, 2016 Dec 18
  • Construction of human activity-based phosphorylation networks.Molecular Systems Biology.2013 09
  • Profiling the human protein-DNA interactome reveals ERK2 as a transcriptional repressor of interferon signaling.Cell 139, 610–622. 2009.

生物及医学数据分析工具及数据库

  • MethSMRT: an integrative database for DNA N6-methyladenine and N4-methylcytosinegenerated by single-molecular real-time sequencing,Nucleic Acids Research,2017,10.1093.gkw950
  • RPFdb: a database for genome wide information of translated mRNA generated from ribosome profiling.Nucleic Acids Research. 2015 Oct 3.
  • Binomial Probability Distribution Model-Based Protein Identification Algorithm for Tandem Mass Spectrometry Utilizing Peak Intensity Information.J. Proteome Res.2013

多组学数据整合分析和数据挖掘

  • The Anti-Warburg Effect Elicited by the cAMP-PGC1α Pathway Drives Differentiation of Glioblastoma Cells into Astrocytes,Cell Reports. 2017 Jan 10;18(2):468-481. doi: 10.1016/j.celrep.2016.12.037
  • Integrated transcriptomic and metabolomic analysis reveals adaptive changes of hibernating retinas. J Cell Physiol. 2017 May 25. doi: 10.1002/jcp.26030.
  • Global analyses of human immune variation reveal baseline predictors of post-vaccination responses. Cell. 2014, 157,499-513


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